Anticamente Porto Ceresio faceva parte della curazia di Cuasso al Piano, basata nella chiesa di San Giacomo, insieme a Cuasso, Besano e Brusimpiano. La curazia venne elevata a parrocchia il 31 ottobre 1574 e comprendeva Cuasso al Piano, Besano e Porto Ceresio; rimase basata nella chiesa cuassese di San Giacomo.

I due paesi di Porto Ceresio e Besano, tra i cui abitanti vi era un diffuso malcontento, con decreto di monsignor Andrea Perbenedetto si distaccarono dalla parrocchia cuassese nel 1608, andando a crearne una propria basata nella chiesa di San Martino di Tours a Besano.

Il malcontendo dei portoceresini non si placò ed eressero una parrocchia autonoma nel 1722, distaccandosi da quella di Besano. Venne basata nella chiesa di Sant'Ambrogio.

Al 1751, anno della visita dell'arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, il clero della parrocchia era costituito dal solo parroco ed erano attive la scuola della dottrina cristiana, la Confraternita del Santissimo Sacramento, la Confraternita del consorzio delle donne sotto l'invocazione del Sacratissimo Cuore di Maria e la Pia Unione di San Luigi Gonzaga.

Sotto la parrocchia di Porto Ceresio sono attive la chiesa parrocchiale di Sant'Ambrogio, il Santuario di Maria Ausiliatrice e l'oratorio di Sant'Antonio a Ca' del Monte.