La parrocchia di sant'Ambrogio venne eretta, su decreto dell'arcivescovo Carlo Borromeo, il 31 ottobre 1574, dopo che egli ebbe accolto le richieste degli abitanti di Borgnana, di Cuasso al Monte e di Cavagnano di distaccarsi da quella di Cuasso al Piano. Questi, rappresentati rispettivamente dai sindaci Giulio Andreoletti, Elia Pellolo e Menotto, inviarono un procuratore presso Appiano Gentile, ove l'arcivescovo era in visita, implorandolo di ereggere una nuova parrocchia. Proprio lui, qualche mese dopo, ascolterà questa richiesta, separando le frazioni di monte con un atto notarile ancora conservato. Il santo fece inoltre erigere la chiesa parrocchiale, consacrata nel 1578. Era sottoposta alla pieve di san Vittore martire di Arcisate.

Al 1751, alla visita dell'arcivescovo Pozzobonelli, il clero era composto dal parroco e da altri due sacerdoti, ed era attiva la scuola della dottrina cristiana. Esistevano, oltre alla parrocchiale, l'oratorio della Beata Vergine di Borgnana (in cui viveva uno dei due sacerdoti), la chiesa di san Michele e la primitiva chiesa di san Giuseppe a Cavagnano (che venne demolita e sostituita da una chiesa più grande, quella dei santi Giuseppe e Anna, in occasione dell'erezione dell'omonima parrocchia di Cavagnano).

Alla visita dell'arcivescovo Andrea Carlo Ferrari (1896) vi erano un parroco e due cappellani, che amministravano, oltre alla parrocchiale, la chiesa di san Carlo Borromeo (o della Sacra Famiglia), la chiesa dei santi Giuseppe e Anna, quella di san Michele (che poi cadde nell'abbandono), quella dell'Immacolata a Borgnana e la cappella dell'Immacolata al Deserto (quest'ultima facente parte dell'antico convento e poi demolita, da non confondere con la chiesa dell'Immacolata all'ospedale di Cuasso al Monte attuale). Erano inoltre attive la confraternita del Santissimo Sacramento ed una società cattolica di mutuo soccorso eretta nel 1887.

Tra il 1900 ed il 1903 Cavagnano venne separata e creò una parrocchia autonoma, perciò alla parrocchia di Cuasso al Monte restarono la chiesa parrocchiale di sant'Ambrogio, quella di san Carlo Borromeo e l'oratorio dell'Immacolata di Borgnana.

Tra il 1971 ed il 1972, in seguito all'entrata in vigore del Sinodo Colombo (decreto 11 marzo 1971), entrò a far parte del nuovo vicariato foraneo di Arcisate, passando poi al decanato di Arcisate, rinominato poi decanato di Valceresio nel 1979, nella zona II di Varese dell'arcidiocesi di Milano.