Besano, insieme a Cuasso al Piano (e altre frazioni), Porto Ceresio ed a Brusimpiano, hanno storicamente fatto parte della curazia di Cuasso al Piano, basata nella chiesa dei santi Cristoforo e Cristina (poi san Giacomo) di Cuasso al Piano. Qui risiedeva il curato assegnato dalla chiesa plebana di Arcisate e vi confluivano i fedeli per le funzioni settimanali; il sacerdote veniva poi pagato per celebrare nelle altre chiese della zona, come nella chiesa di san Maurizio a Besano e quella di san Pietro a Porto Ceresio. La curazia divenne formalmente parrocchia nell'ottobre (all'incirca il 31) del 1574, dedicata ai santi titolari della chiesa di Cuasso al Piano, che era parrocchiale. Ad essa erano sottoposti Besano e Porto Ceresio. Il fatto che questi paesi fossero spiritualmente uniti è delineato in numerosi resoconti di altrettante visite pastorali di vescovi e Padri. Ne troviamo note in quelli degli arcivescovi dell'arcidiocesi di Milano Carlo Borromeo (che visitò nel 1574 ed eresse la parrocchia cuasalpianese) e Gaspare Visconti (che arrivò nell'ottobre 1586) e in quelli di monsignor Averoldo del 1597.

La parrocchia di Cuasso al Piano venne smembrata nel 1608 e Besano e Porto Ceresio ne crearono una comune, basata a Porto Ceresio e dedicata a sant'Ambrogio, con il decreto di monsignor Andrea Perbenedetto. Rimase sottoposta alla pieve di san Vittore martire di Arcisate.

La parrocchia di Besano nacque nel 1722 staccandosi da quella di Porto Ceresio e la chiesa di san Maurizio divenne chiesa parrocchiale, cambiando dedicazione all'attuale san Martino di Tours. Nel 1751, alla visita dell'arcivescovo Pozzobonelli, nella chiesa era attiva la Confraternita del Santissimo Sacramento, eretta il 20 agosto 1704 dal cardinale Archinti. Alla visita dell'arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nel 1896 erano attivi, oltre al solo parroco, la Confraternita del Santissimo Sacramento, il consorzio del Sacro Cuore di Gesù con sant'Agnese, la compagnia di san Luigi e la Congregazione degli operai di santa Lucia.

Dopo lo scioglimento delle pievi messo in atto dal Sinodo Colombo tra il 1971 ed il 1972 (decreto 11 marzo 1971), venne inserita nel nuovo vicariato foraneo di Arcisate, poi decanato di Arcisate, denominato, a decorrere dal 1979, decanato di Valceresio, nella zona II di Varese dell'arcidiocesi di Milano.

Nel suo territorio comprende ora due chiese, quali quella di san Martino di Tours e quella di santa Maria Nascente al colle san Martino.